Im Jahr 1999 trat Johannes Rau für das höchste Staatsamt an. Am 23. Mai 1999 wählte ihn die Bundesversammlung zum Bundespräsidenten.
Nach einer ersten Kandidatur für das Amt des Bundespräsidenten im Jahr 1994 trat Johannes Rau 1999 erneut für das höchste Staatsamt an und gewann im zweiten Wahlgang.
Seine fünfjährige Amtszeit stand unter dem Motto "Versöhnen statt spalten". Er setzte sich unter anderem für die Integration von Migranten und für Minderheiten ein. In seiner ersten Berliner Rede plädierte er für eine geregelte Einwanderungspolitik.
Im Jahr 2000 sprach Johannes Rau als erstes deutsches Staatsoberhaupt vor dem israelischen Parlament und bat das jüdische Volk und Israel um Vergebung für die Verbrechen des Holocaust. 2002 unterzeichnete er das umstrittene "Zuwanderungsgesetz". Er verband seine Unterschrift mit einer deutlichen Rüge an die Verantwortlichen im Bundesrat, die durch ihr Abstimmungsverhalten für einen Eklat gesorgt hatten.
Am 27. Januar 2006 starb Johannes Rau in Berlin.